前端污水不能全收集、末端污染物不能全處理，是目前困擾污水處理的兩大難題，致使污水處理廠本身成了大的排污主體。造成這種狀況的主要原因：
污水排放標(biāo)準(zhǔn)太低。按照相關(guān)規(guī)定，污水排放標(biāo)準(zhǔn)有兩個，分別是一級A和一級B，但即便達(dá)到一級A的標(biāo)準(zhǔn)，其水質(zhì)和地表水Ⅳ類標(biāo)準(zhǔn)也相距甚遠(yuǎn)。北京市在全國率先將污水處理標(biāo)準(zhǔn)提升至地表水Ⅳ類，但也僅是化學(xué)需氧量、氨氮等指標(biāo)達(dá)到這一標(biāo)準(zhǔn)。
進(jìn)水成分復(fù)雜。污水處理廠進(jìn)水水質(zhì)受所在地產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)的影響較大，各地主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)不盡相同，但基本都有產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)復(fù)雜、門類多、行業(yè)面廣、企業(yè)生產(chǎn)過程粗放等特點(diǎn)，導(dǎo)致排水成分復(fù)雜、水質(zhì)污染嚴(yán)重。這也造成了污水處理廠運(yùn)行管理難度大，處理系統(tǒng)和處理效果穩(wěn)定性差。
污水處理廠運(yùn)轉(zhuǎn)效率低。一方面是建設(shè)資金有限，排污管網(wǎng)不暢，污水處理廠“吃不飽”；另一方面，由于運(yùn)行成本太高，還有不少污水處理廠“轉(zhuǎn)不動”。因此，一些城市的污水處理廠都是“半開半關(guān)”的狀態(tài)。
污水處理費(fèi)用嚴(yán)重不足。很多地方污水處理運(yùn)行費(fèi)用很難做到及時、足額到位，特別是有些地方政府配套資金不落實(shí)，導(dǎo)致污水處理廠難以做到穩(wěn)定運(yùn)行。
管理體制不合理。目前近80％左右污水處理及配套系統(tǒng)采用事業(yè)單位或準(zhǔn)事業(yè)單位的運(yùn)營方式，大多是政府收費(fèi)，給污水處理廠按事業(yè)單位撥款，致使投資匱乏、效率低下。其根本原因在于投資建設(shè)管理體制不合理，沒有人為這些污水處理廠的投資真正負(fù)責(zé)。
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